In der Fortsetzung zum Echtzeit-Strategiespiel Perimeter liegt das Schicksal der Menschheit erneut in Ihren Händen. Während die Exodus, angeführt von den Geistern, noch immer auf der Suche nach der Neuen Welt sind, haben die Harkback das Vertrauen in selbige verloren. Kurzerhand beschließen Sie zur Erde, die Sie einst verlassen mussten, zurückzukehren.